Η ταλαντούχα ηθοποιός παντρεύτηκε με τον ηθοποιό Πασχάλη Τσαρούχα το 2006 και απέκτησαν έναν γιο, τον Αχιλλέα. Ο γάμος τους κράτησε μέχρι το 2012, ενώ το διαζύγιό τους βγήκε το 2013. Έκτοτε έχει σχέση με τον τραγουδιστή Γρηγόρη Πετράκο, με τον οποίο έχει αποκτήσει δυο κόρες.
Η Θεοφανία Παπαθωμά έφερε στον κόσμο το τρίτο της παιδί τον Σεπτέμβριο 2017, γεννώντας στο σπίτι της, όπως είχε αποκαλύψει.
Πρόσφατα, η τρυφερή μανούλα δημοσίευσε μια υπέροχη φωτογραφία με τη δύο ετών κορούλα της. Η ίδια κάνει γιόγκα στην παραλία, έχοντας στο πλευρό της την πριγκίπισσά της.
Δείτε τη φωτογραφία.